Ursprünglich bezeichnete „Fermentation“ eine biotische Reaktion unter Ausschluss von Luft. Heute werden viele Bioreaktionen unter diesem Begriff zusammengefasst, auch wenn sie mit Enzymen an der Luft geschehen, wie beispielsweise die Fermentation zur Herstellung von Schwarzem Tee. In unserem Fall jedoch handelt es sich um eine Vergärung von Biomasse, die zwingend ohne Sauerstoff (obligat anaerob) erfolgt, also eine Fermentation im eigentlichen Wortsinne.
Aber was geschieht denn nun genau in einem Fermenter? Im Prinzip funktioniert ein Fermenter wie der Pansen einer Kuh: Das Substrat aus Gras oder Mais dient als Nahrung für zahlreiche Mikroorganismen, die die enthaltenen Kohlenhydrate (zum Beispiel Zellulose) aufschließen. Dabei erzeugen sie ein Gasgemisch aus Methan und Kohlendioxid. Dieser „Methanogenese“ genannte Vorgang stellt die letzte Stufe des anaeroben Abbaus von Biomasse dar. Als Methanogene oder Methanbildner dienen sogenannte „Archaeen“, die in der anaerob ablaufenden Methanogenese Kohlenstoffdioxid in ein Gasgemisch umwandeln. Die Hauptkomponenten sind Methan (CH4) und Kohlenstoffdioxid (CO2); außerdem enthalten sind Spuren von Stickstoff (N2), Sauerstoff (O2), Schwefelwasserstoff (H2S), Wasserstoff (H2) sowie Ammoniak (NH3).
Die Kuh stößt das Gas aus und verwendet nur die Gärreste zur weiteren Verdauung; im Gegensatz dazu nutzt eine Biogasanlage das Methan zur Energieerzeugung. Mittels Biogasaufbereitung wird das Gas gereinigt, denn wichtig für die Energiegewinnung ist vor allem das energiereiche Methan, das in
Blockheizkraftwerken zu elektrischer und thermischer Energie umgewandelt wird.